Challenge méthodologique
Etes-vous intéressé par une participation au challenge méthodologique sur le thème :
"Intégration de données hétérogènes et de haute dimension pour la découverte de biomarqueurs prédictifs " ?
A la suite du workshop du 5 octobre 2017, nous mettons en place le groupe de travail consacré à l’analyse conjointe de jeux de données disponibles dans les consortiums PREDICT – Psay-CompBio.
Le workshop a mis en évidence la grande variété de méthodes permettant d'identifier des biomarqueurs, ainsi que la grande diversité des fichiers de données, en particulier concernant le nombre d'observations. Ce groupe de travail permettra la mise en commun d’expertises sur des méthodologies très variées, afin d’identifier de nouveaux biomarqueurs prédictifs. L’objectif est d’écrire un article de synthèse présentant les résultats de ces analyses et d’organiser un workshop de restitution en Juin 2018.
A ce jour, nous proposons deux jeux de données, qui ont été présentés dans les exposés de Denis Laloë et de Nuria Mach.
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Le premier est extrait de la base de données TCGA, et concerne le cancer du col de l'utérus. Il regroupe 120 échantillons et quatre groupes de variables, sans données manquantes.
Le second jeu de données porte sur l’endurance des chevaux et est d’effectif plus réduit avec 10 individus pour l’échantillon d’apprentissage, ayant des mesures avant et après la course, et 13 individus pour l’échantillon test.