Objectifs
Le développement récent des technologies –omiques haut-débit met à disposition de grandes quantités d’information permettant de mieux comprendre les phénomènes biologiques. L’intégration et la modélisation conjointe de ces données est un enjeu clef aussi bien d’un point de vue méthodologique que biologique. L’objectif de ce workshop est tout d’abord de présenter la variété des données disponibles et les enjeux de l’analyse pour la recherche de biomarqueurs prédictifs. Différentes approches méthodologiques sont possibles pour l’analyse conjointe de ces données (approches exploratoires, modèles prédictifs, réseaux), qui seront exposées dans une seconde partie. A l’issue de cette journée, les équipes de méthodologistes intéressées constitueront un groupe de travail pour l’analyse conjointe d’un jeu de données disponible dans les consortiums PREDICT - Psay-CompBio en mettant en commun leur expertise sur des méthodologies très variées, afin d’identifier de nouveaux biomarqueurs prédictifs.
Ce Workshop s'est déroulé le 5 octobre, sur le site INRA de Jouy-en-Josas :
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Enjeux de l’analyse de données –omiques hétérogènes, et les attentes des biologistes vis-à-vis de ces méthodes
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Méthodologies de l’intégration et modélisation, couvrant l’ensemble des méthodes (exploratoires type AFM/Coinertie multiple, prédictives type PLS, deep learning, intégration de réseaux)
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Discussion pour la constitution d’un groupe de travail et la mise en place d'un challenge méthodologique.
Workshop PREDICT Psay-CompBio
5 octobre, 2017
Inra, Bât 440, Domaine de Vilvert
Intégration de données hétérogènes et de haute dimension pour la découverte de biomarqueurs prédictifs.
Programme
Jeudi
5 Octobre
Jouy-en-Josas, Amphithéâtre bat 440
9:00-17:15
9h00-9h30 : Accueil avec café
Partie I : Enjeux de l’analyse de données –omiques hétérogènes
9h30-10h10 : Ivan Sloma (Hôpital Paul Brousse), "A bio-integrative approach identifies an inflammatory signature in chronic myeloid leukemia (CML) stem cells that is highly perturbed in CML blast crisis."
10h10-10h50 : Christophe Desterke (Hôpital Paul Brousse), "Résoudre le code du transcriptome en intégrant la chromatine ouverte accessible."
11h10-11h50 : Daniel Gautheret (Université Paris Sud), "A k-mer revolution in NGS data analysis, and how it creates new challenges for classifiers."
11h45-12h30 : Sarah Cohen-Boulakia et Balazs Kegl (Université Paris Sud), "Data challenges with modularization and code submission."
12h30-13h30 : Déjeuner (buffet)
Partie II : Méthodologies de l’intégration et modélisation
13h30-14h00 : Nuria Mach (INRA), "Understanding the response to endurance exercise using a systems biology approach in horses."
14h00-14h30 : Denis Laloë (INRA), "Approches exploratoires multitableaux pour l’intégration de données."
14h30-15h15 : Vincent Guillemot (Institut Pasteur), "Intégration de contraintes multiples dans la décomposition en valeurs singulières."
15h15-16h00 : Blaise Hanczar (Université d’Evry), "Apprentissage profond pour la prédiction de phénotypes à partir de données d’expression."
16h00-16h45 : Christophe Ambroise (Université d’Evry), "Graphical model inference with unobserved variables via latent tree aggregation."
16h45-17h15 : Discussion et constitution d’un groupe de travail avec challenge méthodologique.
Organisateurs
Florence Jaffrezic
INRA, UMR GABI
Génétique Animale et Biologie Intégrative
Equipe PSGen
Jouy-en-Josas
Denis Laloë
INRA, UMR GABI
Génétique Animale et Biologie Intégrative
Equipe PSGen
Jouy-en-Josas
Daniel Gautheret
Université Paris-Sud
Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC)
Orsay
Patricia Huan
INRA, UMR GABI
Génétique Animale et Biologie Intégrative
Jouy-en-Josas
Financé par
PREDICT - Psay-CompBio
